Có thể nói, Thông tư số 47/2020/TT-BTC là một trong những giải pháp của Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) trong việc hỗ trợ, tháo giỡ khó khăn, tạo điều kiện thông quan hàng hóa cho cộng đồng doanh nghiệp bị ảnh hưởng từ đại dịch viêm đường hô hấp cấp COVID-19 gây ra. Thông tư này được ban hành trên cơ sở những kiến nghị của cơ quan có thẩm quyền cấp C/O và các phản ánh của doanh nghiệp đang gặp khó khăn về việc nộp C/O trong thời gian COVID-19 vừa qua.

Tại Thông tư này quy định đối tượng áp dụng gồm: Người khai hải quan; cơ quan Hải quan, công chức hải quan; tổ chức, cá nhân khác có quyền và nghĩa vụ liên quan đến xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Về những vấn đề được quan tâm nhất là: Thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa; Hình thức chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa; Hiệu lực thi hành đã được quy định rõ tại Thông tư 47.

Cụ thể, về thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, Thông tư 47 quy định: Người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 7 Thông tư số 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (gọi là Thông tư số 38/2018/TT-BTC).

Trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, người khai hải quan phải khai chậm nộp C/O trên tờ khai hải quan nhập khẩu và được khai bổ sung, nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa. Người khai hải quan khai theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi tối huệ quốc (MFN) hoặc thông thường và được nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ trong thời trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa để áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt tương ứng; cơ quan hải quan có trách nhiệm hoàn trả số tiền thuế chênh lệch đã nộp.

Về hình thức chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, Thông tư 47 hướng dẫn rõ các trường hợp cụ thể.

Trong trường hợp hàng hóa nhập khẩu áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ như sau: Về Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) sử dụng chữ ký và con dấu điện tử. Cơ quan Hải quan chấp nhận C/O sử dụng chữ ký và con dấu điện tử với điều kiện cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu có thông báo về việc cấp C/O sử dụng chữ ký, con dấu điện tử và cung cấp trang thông tin điện tử để tra cứu C/O hoặc phương thức tra cứu khác về C/O. Cơ quan Hải quan kiểm tra tính hợp lệ của C/O trên trang thông tin điện tử hoặc phương thức tra cứu khác của cơ quan cấp để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định và in một bản C/O để lưu hồ sơ hải quan.

Về bản chụp/bản scan C/O, cơ quan Hải quan chấp nhận bản chụp/bản scan C/O với điều kiện cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu thông báo về việc sử dụng bản chụp/bản scan của bản chính C/O và cung cấp bản chụp/bản scan C/O hoặc trang thông tin điện tử hoặc phương thức kiểm tra khác cho cơ quan hải quan để xác định tính hợp lệ của C/O. Cơ quan hải quan kiểm tra tính hợp lệ của C/O bản chụp/bản scan trên trang thông tin điện tử hoặc phương thức kiểm tra khác do cơ quan cấp cung cấp để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định và in một bản C/O để lưu hồ sơ hải quan.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu phải nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo quy định tại khoản 2, Điều 4 Thông tư số 38/2018/TT-BTC, người khai hải quan nộp bản chính C/O cho cơ quan hải quan. Trường hợp chưa có C/O bản chính tại thời điểm làm thủ tục hải quan, người khai hải quan được nộp bản chụp/bản scan C/O cho cơ quan hải quan và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, hợp lệ của bản chụp/bản scan C/O.

Cơ quan Hải quan căn cứ bản chụp/bản scan C/O, hồ sơ hải quan, thực tế hàng hóa, hành trình lô hàng và những thông tin khác có liên quan để kiểm tra xác định xuất xứ hàng hóa và quyết định thông quan hàng hóa. Người khai hải quan chịu trách nhiệm nộp lại 1 bản chính C/O trong thời hạn 180 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu.

Về hiệu lực thi hành, Thông tư 47 quy định có hiệu lực từ ngày Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam công bố dịch COVID-19 (ngày 23/1/2020), áp dụng cho các tờ khai hải quan nhập khẩu đăng ký từ ngày 23/1/2020. Đồng thời, căn cứ diễn biến dịch bệnh COVID-19 trên thế giới, Bộ trưởng Bộ Tài chính công bố chấm dứt hiệu lực của Thông tư này.